A Bacia Amazônica abriga o maior contingente de peixes de água doce do globo, animais que são essenciais em termos de alimentação, cultura associada e economia. Embora a pesca extrativa venha sendo a principal fornecedora de peixes, a atividade, historicamente, encontra-se estagnada, levando a piscicultura a emergir como alternativa para suprir a demanda. Contudo, má administração tanto na pesca quanto na piscicultura, pode reduzir a diversidade genética ao longo do tempo, afetando estoques naturais e cultivados. Assim, avaliar essa variabilidade é essencial para a sustentabilidade dessas atividades. Schizodon fasciatus, conhecido como aracu, é um anostomídeo distribuído na Bacia Amazônica, valorizado comercialmente e amplamente pescado e consumido pelas populações locais, o que torna essa espécie promissora para o cultivo. Nesse contexto, o presente trabalho visou avaliar a diversidade e estrutura genética de indivíduos selvagens do aracu em localidades do Baixo Amazonas. Utilizando a Região Controle do DNA mitocondrial, examinamos os índices de diversidade haplotípica e nucleotídica, além da AMOVA, para analisar como se estrutura a população de S. fasciatus entre Monte Alegre e Oriximiná, e examinamos a rede de haplótipos, para compreender a distribuição da diversidade genética na área geográfica em estudo. Os resultados revelaram que S. fasciatus apresenta baixos índices de diversidade genética, o que é preocupante, visto que, isso diminui a capacidade de adaptação da espécie a eventos climáticos. Essa perda de variabilidade pode ser devido à redução histórica de sua população. Em relação à estrutura populacional, a variação genética está distribuída de maneira homogênea na área estudada, não sendo observada subestruturação genética, devido possivelmente à ausência de barreiras físicas no trecho amostrado e ao comportamento migratório da espécie.
