As barragens modificam os atributos físicos e químicos dos rios. Essa interrupção dificulta a migração dos peixes, levando à introdução de espécies não nativas e perda de espécies nativas especializadas. Pequenas centrais hidrelétricas (PCHs) têm sido sugeridas como substitutas das grandes barragens para minimizar o tamanho dos reservatórios e preservar os regimes de fluxo natural. Avaliamos as influências de duas PCHs na ictiofauna de um rio tropical, comparando a ?-diversidade taxonômica e funcional dos peixes em três períodos. O Período 1 precedeu a construção das PCHs (Pré-2008), quando o rio era de fluxo livre. O Período 2 foi 1 ano após a construção das PCHs (Pós-2012). O Período 3 foi após 10 anos de operação das PCHs (Atual-2021). Calculamos 10 atributos funcionais da ictiofauna com base em 12 medições morfométricas relacionadas ao uso do habitat, alimentação e locomoção. A composição da ictiofauna variou entre os períodos (p = 0,001) e estações (p = 0,009), com maior riqueza de espécies no período Pós, em comparação com os demais períodos (p = 0,002). A abundância diminuiu significativamente ao longo do tempo (p = 0,004). A ?-diversidade taxonômica aumentou no período Pós, permanecendo estável no período Atual. A ?-diversidade funcional não mudou entre os períodos Pré e Pós, mas aumentou significativamente no período Atual. O componente de substituição teve maior influência tanto na ?-diversidade taxonômica quanto funcional, sem mudanças temporais observadas no componente de aninhamento. A ictiofauna parece ter passado por heterogeneização e reestruturação. As mudanças incluem o surgimento de espécies mais tolerantes (e.g. Hoplosternum littorale e Pimelodus maculatus), o deslocamento de espécies nativas e sensíveis (e.g. Pogonopoma parahybae e Steindachneridion parahybae) e a colonização por um predador não nativo (Plagioscion squamosissimus). Isso indica que projetos de pequena escala, como PCHs, prejudicam as populações de peixes ao alterar habitats e reestruturar a ictiofauna.
