Os riachos correspondem a corpos d’água altamente dependentes do ambiente terrestre circundante para a manutenção da estrutura física e fauna aquática. Portanto, alterações das paisagens naturais e/ou substituição de culturas agrícolas, provocada por ações antrópicas, tem capacidade de alterar características comportamentais, fisiológicas e/ou morfológicas dos organismos e interferir nas populações. Nesse contexto, a variação intraespecífica é uma importante métrica para avaliar respostas adaptativas de espécies frente a mudanças ambientais. Assim, o objetivo deste estudo foi avaliar a resposta da variação intraespecífica morfológica de peixes generalistas e especialistas em uma década (2003 e 2013). O estudo foi realizado no Noroeste do estado de São Paulo, nas bacias São José dos Dourados e Turvo-Grande, onde há intenso uso antrópico e substituição de pastagens por cana-de-açúcar. Riachos amostrados em 2003 foram reamostrados em 2013 usando o mesmo protocolo para a coleta da ictiofauna. Foram selecionadas espécies generalistas e especialistas relacionadas ao uso de habitat e dieta, sendo Astyanax lacustris, Knodus moenkhausii e Poecilia reticulata classificadas como generalistas e Oligosarcus pintoi, Hypostomus ancistroides e Aspidoras fuscoguttatus, especialistas. Quinze atributos ecomorfológicos, foram obtidos de 50 indivíduos de cada espécie, em 2003 e 2013. Para testar a mudança da variação intraespecífica, uma análise de dispersão (BETADISPER, distância euclidiana) foi construída para cada espécie. A. lacustris, K. moenkhausii e O. pintoi aumentaram significativamente a variação intraespecífica entre 2003 e 2013, enquanto H. ancistroides e A. fuscoguttatus apresentaram tendência à redução da variação intraespecífica. P. reticulata foi a espécie que não apresentou mudança na variação. Padrões contrastantes foram observados entre espécies associadas à coluna d’água e ao substrato com aumento e redução da variação, respectivamente. Tal padrão pode estar relacionado à progressão do assoreamento, que apesar de afetar também a coluna d’água, reduz primeiramente e mais fortemente o habitat disponível para as espécies bentônicas ao soterrar substratos rochosos.
