O estudo da composição, abundância e distribuição do ictioplâncton é fundamental para compreender a influência das alterações ambientais na reprodução dos peixes e definir ações de manejo eficazes para a conservação das espécies. A bacia do alto rio Paraná é altamente impactada pelos inúmeros empreendimentos de barramentos, como a UHE Engenheiro Sérgio Motta, que possui o maior reservatório do rio Paraná e recebe importantes tributários como os rios Verde e Pardo, pela margem sul-mato-grossense, e rios Aguapeí e do Peixe, pela margem paulista. O presente estudo teve como objetivo identificar ovos de peixes coletados nestes quatro tributários, utilizando a técnica de DNA Barcode. Das 668 sequências analisadas, 99,85% foram indentificadas a nível específico, resultando em 18 espécies, pertencentes a 9 famílias e 3 ordens. O Rio Aguapeí teve 11 espécies identificadas, seguido por Pardo e Verde, com 8 e Peixe com 4. A maioria das espécies identificadas é migradora, como é o caso de Pterodoras granulosus, que está presente nos quatro tributários. Um dado importante, especialmente para a conservação de peixes migradores, é a presença da espécie ameaçada de extinção Pseudoplatystoma corruscans no rio Aguapeí, um rio bastante preservado que ainda se encontra sem barramentos, demonstrando a importância de afluentes livres para a manutenção das espécies reofílicas. Por outro lado, a presença de Plagioscion squamosissimus no Rio Aguapeí, uma espécie não nativa, com hábitos alimentares variáveis, é uma séria ameaça para a ictiofauna nativa. Desta forma, nossos resultados demonstraram a importância da identificação de ovos de peixes em ambientes influenciados por reservatórios para reconhecer as áreas de reprodução de espécies nativas e ameaçadas, bem como a importância desses tributários para a manutenção de espécies nativas do rio Paraná, dentre elas algumas ameaçadas de extinção.
