Compreender os padrões de composição de espécies e a influência de diferentes escalas e fatores abióticos tem sido o principal objetivo da ecologia de comunidades. Nesse contexto, este estudo investigou a estrutura da assembleia de larvas de peixes, analisando como ela é moldada pela variação espacial e por variáveis ambientais. Amostragens sazonais durante o ano de 2021-2022 foram realizadas no rio Tapajós em um trecho de aproximadamente 350km categorizado em três setores de acordo com suas configurações paisagísticas (setor 1 com predomínio de corredeiras, setor 2 ilhas aluviais e setor 3 foz do rio). As larvas foram obtidas com uma rede de plâncton e os parâmetros ambientais foram mensurados em cada local de coleta. O efeito sazonal foi controlado estatisticamente. Os setores amostrais apresentaram condições ambientais distintas, com maiores registros de oxigênio dissolvido e velocidade do fluxo no setor 1, elevados valores de condutividade elétrica, temperatura da água, chuvas, largura do rio e pH no setor 3 e condições ambientais intermediárias no setor 2. Um total 22.469 larvas de peixes foi capturado e identificado em 11 ordens, 31 famílias, 52 gêneros e 54 espécies e variaram significativamente na escala espacial. A largura do rio, oxigênio dissolvido e temperatura da água apresentaram efeito direto sobre a assembleia larval. Essas variáveis têm implicações sobre os processos fisiológicos das larvas, influenciando os padrões de distribuição e abundância das espécies. Larvas em estágios iniciais de desenvolvimento (larval vitelino e pré-flexão), principalmente de Characiformes migradores, estiveram associados ao setor 1 e 2, enquanto o setor 3 apresentou larvas mais desenvolvidas (flexão e pós-flexão). Esses resultados demonstram que a heterogeneidade ambiental no rio Tapajós é relevante na manutenção da diversidade de larvas e nos padrões de distribuição das espécies, além de destacar a importância de diferentes trechos do rio na dispersão das fases iniciais dos peixes.
