As raias de água doce do gênero Potamotrygon, são majoritariamente endêmicas dos principais rios da América latina, esse grupo apresenta um desafio taxonômico por sua complexa plasticidade e muitas vezes apresentando sobreposição de caracteres. Marcadores moleculares como ATPase subnidade 6 (ATPase) e citocromo c oxidase subunidade 1 (COI) são usados para a identificação molecular e ajudam a elucidar as relações filogenéticas. Com isso, o objetivo deste trabalho foi realizar a identificação molecular e delimitação de espécies do gênero Potamotrygon a fim de entender as relações filogenéticas do grupo. As amostras coletadas em diferentes regiões da bacia Amazônica foram identificadas morfologicamente e depositadas na coleção do Laboratório de Biologia e Genética de Peixes (LBGP), Unesp - Botucatu (SP), foi realizada a extração de DNA total de 10 espécimes (P. leopoldi = 3, P. orbignyi = 4, P. scobina = 3), as quais foram submetidas a reação em cadeia da polimerase para os genes ATPase e COI e subsequentemente foram sequenciadas pelo método de Sanger. Foram acrescentadas 19 sequências por gene do banco do GenBank. Para a edição das sequências foi usado o programa Geneious v7.1.3, e a árvore filogenética foi realizada através do software RAxmL v7.2 com 1000 réplicas de bootstrap. A árvore de Maximum Likelihood (ML) devolveu a topologia identificando apenas um ramo nos dois genes analisados, assim agrupando todas as três espécies, com as análises de Assemble Species by Automatic Partitioning (ASAP) e Poisson Tree Processes (PTP) obtivemos o mesmo resultado. Considerando a possibilidade de que o processo de diversificação provavelmente tenha ocorrido de forma rápida e relativamente recente, esses marcadores não resultam na reconstrução das relações filogenéticas. Portanto, outros genes com maior taxa evolutiva apresentam melhores respostas para entender as relações filogenéticas neste grupo e avaliar a composição e riqueza de espécies contidas neste ecossistema.
