A bacia hidrográfica do rio Araguaia é conhecida pela sua alta diversidade de peixes, com mais de 420 espécies. Apresenta uma diversidade de ambientes, incluindo aqueles típicos de planície de inundação, que funcionam como importantes berçários para o desenvolvimento dos peixes. O rio Araguaia é um dos grandes rios brasileiros livres de barragens o que permite a livre migração reprodutiva dos peixes. Entender como os peixes utilizam esses ambientes para a reprodução podem ajudar a desenvolver estratégias para a manutenção desse recurso. Nosso objetivo foi avaliar a deriva de ictioplâncton entre o canal principal do rio Araguaia e os afluentes. O ictioplâncton foi amostrado em oito afluentes e em sete pontos no canal principal do rio Araguaia entre 2018 e 2019, durante o início das cheias. Avaliamos à deriva do ictioplâncton entre o canal principal e afluentes por meio de uma ANOVA two way, com teste a posteriori de Tukey HSD, quando diferenças significativas foram encontradas. Houve diferença na deriva do ictioplâncton entre o canal principal do Rio Araguaia e afluentes (F1, 114 = 4,17; p = 0,04), com maior densidade média nos afluentes (Tukey, p = 0,04). Adicionalmente, encontramos diferença na deriva do ictioplâncton entre os estágios de desenvolvimento (F 4, 114 = 10,79; p < 0,0001), entre ovos e larvas nas fases de larval vitelino (Tukey, p = 0,04), pré-flexão (Tukey, p < 0,0001), flexão (Tukey, p = 0,0006) e pós-flexão (Tukey, p < 0,0001). Entre as larvas, encontramos diferença de deriva entre as fases larval vitelino e pós-flexão (Tukey, p = 0,006). Os resultados refletem que os afluentes e o rio Araguaia desempenham papel crucial na reprodução dos peixes e proporcionam áreas para desova e desenvolvimento das fases larvais. Dessa forma, o curso livre de barragens do rio contribui para a manutenção da biodiversidade de peixes.