O gênero Etmopterus Rafinesque, 1810 compreende tubarões bioluminescentes, de pequeno a médio porte (<800 mm CT), que habitam o oceano profundo (> 200 m) e são popularmente conhecidos como tubarões-lanternas. Atualmente, são reconhecidas 43 espécies válidas, que podem ser classificadas em quatro grupos baseados no compartilhamento de sinapomorfias e análises de genes nucleares e mitocondriais. No Atlântico Sul ocidental são registradas cinco espécies válidas: E. bigelowi Shirai & Tachikawa, 1993; E. gracilispinis Krefft 1968; E. granulosus (Günther, 1880); E. hillianus (Poey, 1861); e E. lucifer Jordan & Snyder, 1902. Assim, no âmbito do Projeto Diversidade e Evolução dos Peixes de Oceano Profundo –DEEP-OCEAN, os objetivos deste trabalho são de investigar, com base em caracteres morfológicos e moleculares, a riqueza de espécies do gênero nesta região. O material utilizado foi obtido no talude continental brasileiro e inclui 36 exemplares com amostras de tecido para molecular, coletados a bordo do N.O. Alpha Crucis; 36 exemplares obtidos como bycatch da pesca comercial em São Paulo; e 64 exemplares provenientes das coleções ictiológicas nacionais e internacionais. Para a evidência molecular, foram utilizados os genes mitocondriais COI e NADH2. As sequencias foram editadas no software Geneious, checadas através de análises do tipo BLAST-NCBI / BOLD e foram comparadas com outras disponíveis no GenBank e no BOLD. As árvores filogenéticas foram inferidas por máxima verossimilhança, com o modelo de substituição K2P. As análises confirmam a ocorrência de E. bigelowi e E. gracilispinis e revelam possíveis erros de identificação para E. granulosus e E. hillianus e que a espécie E. lucifer registrada no Atlântico Sudoeste apresenta distância interespecífica de 3,5% em relação ao E. lucifer do Pacífico Noroeste. A análise integrativa permitiu a identificação dos espécimes coletados, como também o aumento da incipiente base de dados sobre espécies de mar profundo da costa do Brasil.
