As bacias costeiras da Amazônia Oriental, presentes no estado do Maranhão, são caracterizadas por uma rica biodiversidade e grande influência de manguezais. Quatro bacias hidrográficas estão presentes nessa região e historicamente têm sido pouco estudadas. Porém, nos últimos anos novas espécies foram descritas para a área demonstrando a importância da região para o conhecimento da ictiofauna. Com base nisso, este estudo teve por objetivo confirmar o status taxonômico de espécies da Amazônia Oriental por meio de análises moleculares. Para isso, foi realizado o sequenciamento do gene COI de 10 espécies, que apresentaram dúvidas taxonômicas após as análises morfológicas e/ou foram registradas em mais de uma bacia hidrográfica. Em seguida foram realizadas análises de distância genética e delimitação de espécies para confirmação de suas identificações. As análises moleculares indicaram a presença de 12 espécies e não 10 como observado inicialmente. Dentre as espécies analisadas, apenas duas tiveram a identificação morfológica confirmada pelas análises moleculares; uma espécie foi agrupada com sequências de uma espécie próxima; duas tiveram apenas o gênero confirmado e; sete espécies indicaram a possibilidade de serem novas unidades taxonômicas operacionais (OTUs). O surgimento de novas espécies nessa região, pode ser resultado dos diversos eventos geomorfológicos que influenciaram a formação da área e atuaram diretamente na distribuição das espécies e consequentemente em eventos de isolamento e diferenciação. É preciso ter cautela no uso apenas de ferramentas moleculares para a identificação de espécies, pois sem a disponibilidade de sequências de todas as espécies, não é possível realizar uma comparação precisa para confirmação de identificações taxonômicas. Porém, nossos resultados indicam que essa região da Amazônia Oriental é uma área promissora para a descoberta de novas espécies. Reforçando a necessidade do desenvolvimento de mais estudos na área para que se possa conhecer melhor a ictiofauna desta região da Amazônia.
