O Arquipélago de São Pedro e São Paulo (ASPSP) (0?55?02?? N; 29?20?42?? W) é uma área de proteção ambiental estratégica para a migração, alimentação e reprodução de diferentes espécies de peixes no Atlântico Sudoeste. Com o objetivo de realizar um diagnóstico ambiental da região, foi analisada a frequência de micronúcleos em 16 esfregaços sanguíneos de peixes pelágicos, sendo 7 de albacoras-laje, Thunnus albacares (Bonnaterre, 1788), 4 de xaréis-preto, Caranx lugubris (Poey,1860) e 5 de peixe-rei, Elagatis bipinnulata (Quoy & Gaimard, 1825), todos corados com Giemsa. Os resultados indicaram frequências elevadas de micronúcleos, especialmente na albacora-laje, com uma média de 40,43 micronúcleos a cada 3.000 células, seguida pelo xaréu-preto (34,75) e o peixe-rei (29,40). Paralelamente, a análise da água do mar do ASPSP revelou a presença de poluentes como hidrocarbonetos aromáticos policíclicos, metais pesados (cádmio, chumbo, mercúrio), coliformes fecais, e altos níveis de surfactantes. A presença desses poluentes na região corrobora as frequências de micronúcleos observadas, uma vez que poluentes como esses podem resultar em efeitos genotóxicos mesmo em pequenas quantidades. Embora o ASPSP seja uma área remota, os dados sugerem uma forte influência antrópica, provavelmente associada à ausência de tratamento adequado das águas residuais geradas pelos pesquisadores na estação científica e pelos pescadores no barco de apoio à pesquisa. Dessa forma, os resultados também ressaltam a necessidade urgente de estratégias para mitigar o descarte de resíduos no arquipélago, visando reduzir os impactos negativos sobre a fauna local e preservar a integridade desse ambiente marinho.