Os ambientes de água doce estão entre os ecossistemas mais ameaçados. Apesar disso, a biodiversidade de água doce não costuma ser incluída na definição de prioridades para a conservação. Nesse estudo, procuramos reduzir essa lacuna, ao determinar as sub-bacias prioritárias para a conservação na bacia do Alto rio Paraná a partir da distribuição dos peixes. Essa bacia foi escolhida por apresentar uma rica biodiversidade, alto endemismo, apesar de também sofrer historicamente com diversas fontes de pressões antrópicas. A bacia do Alto Paraná foi dividida em 42 sub-bacias a partir da Divisão Hidrográfica Nacional (DHN250). As ocorrências das espécies foram determinadas para cada sub-bacia a partir de compilação de dados da literatura. Utilizamos a representatividade, a vulnerabilidade e a insubstituibilidade como critérios para a definição de prioridade para conservação. Utilizamos a riqueza de espécies para determinar a representatividade, a riqueza de espécies ameaçadas de extinção para representar a vulnerabilidade e a contribuição local para a diversidade beta (LCBD) para representar a insubstituibilidade. As sub-bacias dos rios Tibagi, Ivaí e PCJ apresentaram as maiores riquezas de espécies. A vulnerabilidade foi maior nas sub-bacias do Alto Tietê, Tibagi e Sucuriú, enquanto as bacias Corrente/Verde, Médio Grande e Santana/Aporé apresentaram maior insubstituibilidade. Os resultados indicam que os critérios de conservação resultam em padrões não concordantes, ressaltando a importância de uma avaliação multidimensional para a definição das áreas prioritárias para a conservação.
