A Chikungunya é uma doença viral aguda, transmitida pelo mosquito Aedes aegypti, que desencadeia dor e manifestações reumáticas incapacitantes e cujo tratamento usual visa ao alívio dos sintomas através do uso de analgésicos e anti-inflamatórios. Em virtude dos efeitos colaterais provocados pelo uso prolongado desses medicamentos, a utilização de terapias complementares, como a Auriculoterapia, pode ser um tratamento não farmacológico seguro e efetivo para o cuidado dos indivíduos acometidos pela Chikungunya. O presente estudo pretende avaliar a eficiência da Auriculoterapia no manejo da dor e da capacidade funcional de indivíduos sintomáticos acometidos por essa doença. Sujeitos maiores de 18 anos diagnosticados com Chikungunya serão recrutados na atenção básica, na cidade de Fortaleza – CE, através de contato com os profissionais da Equipe de Saúde da Família e divulgação nas mídias sociais. Serão excluídos: indivíduos portadores de neoplasia, com lesões ou cirurgias recentes nos membros inferiores ou que tenham realizado tratamento com acupuntura nos últimos 6 meses, além de gestantes. Os participantes que assinarem o Termo de Consentimento Livre e Esclarecido serão randomicamente alocados em dois grupos: Intervenção – o qual receberá a aplicação de pontos de acupuntura auricular específicos para dores musculoesqueléticas; Controle – o qual receberá pontos não específicos. Os dois grupos receberão tratamento com Auriculoterapia uma vez por semana, durante cinco semanas, e serão avaliados em três momentos: antes da primeira sessão terapêutica, após a quarta e a oitava semana, considerando como desfechos principais a intensidade da dor, a limitação da mobilidade e a autopercepção de incapacidade. Nos dois grupos serão aplicadas sementes de mostarda torrada, com cerca de 2mm de diâmetro, fixadas com fita microporosa nos pontos de acupuntura do pavilhão auricular, seguindo a racionalidade da Medicina Tradicional Chinesa. Os participantes serão instruídos a exercer pressão com os dedos sobre os pontos por 3 minutos 3 vezes ao dia, ou em todo episódio de dor. Este protocolo de pesquisa foi aprovado pelo Comitê de Ética em Pesquisa da Universidade Federal do Ceará (2.041.088) e registrado no ClinicalTrials.gov (NCT03090685). Os resultados deste estudo podem colaborar para inserção da Auriculoterapia nos serviços de Atenção Básica e ampliar a oferta de terapias não farmacológicas mais custo-eficientes no Sistema Único de Saúde.