O gênero Microlepidogaster foi descrito há mais de um século. Desde então, diferentes estudos propuseram a inclusão de espécies ou sua transferência para outros gêneros. Além disso, com o passar dos anos, e o aumento da identificação de novas espécies, diferentes metodologias têm testado o monofiletismo do gênero, bem como o relacionamento filogenético com os demais gêneros de Hypoptopomatinae (sensu lato), evidenciando a falta de caracteres que possam definir claramente o gênero com base nas espécies propostas. Atualmente, o gênero Microlepidogaster conta com 8 espécies: Microlepidogaster arachas, M. dimorpha, M. discontenta, M. discus, M. longicolla, M. negomata, M. perforata e M. roseae. Dessa forma, o presente estudo testou o monofiletismo do gênero, sua relação filogenética com os demais gêneros de Hypoptopomatinae (sensu lato), bem como o relacionamento entre suas espécies. Foram analisados 123 caracteres em 79 táxons terminais. Os grupos externos incluíram: Astroblepidae, assim como representantes das quatro outras subfamílias de Loricariidae: Delturinae, Lithogeninae, Loricariinae e Hypostominae; o grupo interno incluiu todas as espécies do gênero Microlepidogaster descritas até o momento. A análise filogenética resultou em 3 árvores igualmente parcimoniosas, com as quais foi construída a árvore de consenso estrito. Microlepidogaster sensu stricto inclui apenas M. dimorpha e M. perforata. Microlepidogaster arachas e M. longicolla caem próximas de M. dimorpha e M. perforata. Por outro lado, M. discus, M. discontenta, M. negomata e M. roseae resultam como próximas a outros gêneros de Hypoptopomatinae (sensu lato). Adicionalmente, apresentamos a redescrição do gênero Microlepidogaster, assim como sugerimos a restrição do gênero apenas a M. perforata e M. dimorpha.
