Gymnotus é o gênero de peixe elétrico mais diverso e amplamente distribuído da ordem Gymnotiformes. Nas bacias dos rios Paraná-Paraguai, São Francisco, e bacias costeiras do sul e sudeste e leste do Brasil, oito espécies do subgênero Gymnotus (Gymnotus) e duas espécies de Gymnotus (Tigre) foram registradas anteriormente. Apesar disso, a identificação de várias espécies destes subgêneros ainda é problemática. O presente estudo teve como objetivo investigar os limites específicos das espécies de Gymnotus (Gymnotus) e Gymnotus (Tigre) atribuídas a essa área. Para tanto, 3985 espécimens e 219 sequências de citocromo oxidase subunidade I (COI) foram analisadas. Como resultados, oito espécies são delimitadas e redescritas para a região: G. bahianus, G. chimarrao, G. cuia, G. interruptus, G. pantanal, G. sylvius e G. inaequilabiatus, e uma nova espécie é reconhecida para as bacias do Rio Doce, Rio Jequitinhonha e Rio Mucuri. As análises de delimitação molecular de espécies (ASAP e bPTP) confirmaram a existência de, pelo menos, seis unidades taxonômicas operacionais (OTU): G. chimarrao, G. cuia, G. pantanal, G. sylvius e G. inaequilabiatus. Por sua vez, G. interruptus e Gymnotus sp. foram recuperadas como possuindo menor grau de diferenciação molecular em relação à G. carapo, embora dados morfológicos permitam a diagnose inequívoca das três espécies. Gymnotus bahianus não foi incluída nas análises moleculares pela indisponibilidade de amostras. Gymnotus carapo australis e G. paraguensis foram considerados sinônimos júnior de G. sylvius; e G. omarorum é considerado sinônimo júnior de G. chimarrao. Este é o primeiro estudo em larga escala para Gymnotus abrangendo estas bacias com foco em taxonomia integrativa e destaca a importância do uso de abordagens multidisciplinares na delimitação de espécies em gêneros com alta diversidade críptica.