O Rio Paraguaçu, localizado na ecorregião da Mata Atlântica na Bahia, Brasil, abriga riachos com características únicas e uma fauna de peixes altamente endêmica, especialmente na região do Alto Paraguaçu. Esses riachos são classificados em três tipos com base em suas características abióticas e comunidades de peixes: Tipo I - áreas cultivadas, Tipo II - campos rupestres e Tipo III - áreas florestadas. Este estudo teve como objetivo investigar as variações na diversidade taxonômica e funcional das comunidades de peixes entre esses três tipos de riachos no Alto Paraguaçu, além de examinar possíveis variações relacionadas às distintas estações seca e chuvosa da região. Quatorze riachos de 1ª e 2ª ordem foram amostrados, cobrindo os três tipos descritos. As amostragens ocorreram com o uso de pesca elétrica em quatro coletas realizadas entre 2023 e 2024: duas durante a estação seca (maio e julho) e duas na estação chuvosa (janeiro e março). Os resultados mostraram que não houve variação sazonal significativa na estrutura das comunidades de peixes. No entanto, a diversidade funcional variou entre os tipos de riachos, sendo menor nos campos rupestres e maior nas áreas florestadas. O uso da terra nas bacias influenciou a diversidade funcional, com maior diversidade funcional observada em riachos de áreas florestadas, enquanto substratos de cascalho tiveram um efeito negativo. Métricas funcionais, como especialização funcional e uniformidade, foram positivamente influenciadas por áreas florestadas, mas negativamente em áreas cultivadas. Esses resultados demonstram que cada tipo de riacho tem uma composição distinta de ictiofauna, e fatores ambientais desempenham um papel significativo na definição de sua composição funcional.