O rio São Francisco, com 2.756 km, é o maior inteiramente brasileiro e abriga 304 espécies de peixes, sendo 241 dulcícolas, 35 invasoras, 28 alóctones e 144 endêmicas. Um de seus tributários é o rio Salitre, localizado no Centro-Norte do Estado da Bahia, com 333 km desde sua nascente na Serra do Tombador, na Chapada Diamantina, até sua foz no município de Juazeiro. A ictiofauna do rio Salitre é pouco conhecida e não há inventários publicados até o momento, fato atribuído por alguns autores a natureza intermitente do rio e poucas coletas. Três amostragens no rio Salitre foram realizadas na última década (2014, 2019, 2020), pela equipe da Universidade Federal da Bahia (UFBA). O presente estudo visa produzir inventário taxonômico da ictiofauna do rio Salitre, com indicação de estado de conservação das espécies e de possíveis espécies novas, se houverem. Para tal, todos os espécimes provenientes do rio em questão armazenados na coleção ictiológica da UFBA foram examinados. A listagem de espécies obtida foi comparada às espécies catalogadas na coleção do Museu de Zoologia da Universidade de São Paulo, e às espécies citadas na literatura para a sub-bacia. Na UFBA foram encontradas 26 espécies, sendo 16 espécies da ordem Characiformes, 4 de Siluriformes, 3 de Cyprinodontiformes e 3 de Cichliformes (com uma espécie invasora). Phenacogaster julliae é a única com localidade-tipo no rio Salitre, descrita com base em material coletado em 1997. Uma espécie nova de Parotocinclus da sub-bacia está em processo de descrição pelos ictiólogos da UFBA. A coleção ictiológica da UFBA, atualmente, é a mais representativa da sub-bacia do rio Salitre. Os resultados deste estudo ressaltam a importância do rio Salitre como um tributário relevante do rio São Francisco, com uma ictiofauna que, apesar de pouco estudada, apresenta espécies endêmicas e potencialmente novas para a ciência.