Informações sobre os padrões de ocorrência e distribuição de ovos e larvas de peixes, período mais crítico do ciclo de vida destes organismos, têm importância fundamental para o entendimento da biologia das espécies e também contribuem para a avaliação da integridade ecológica do ecossistema. O objetivo deste trabalho é avaliar a composição taxonômica de ovos e larvas de peixes no rio Sapucaí-Mirim paulista. A área de estudo foi o rio Sapucaí-Mirim (importante tributário do rio Grande, bacia do Alto rio Paraná) em um trecho que possui três PCHs dispostas em cascata - de montante para jusante: PCHs Palmeiras, Anhanguera e Retiro. A amostragem do ictioplâncton foi realizada utilizando uma rede de plâncton cônico-cilíndrica, com malha de 500 µm, posicionada na subsuperfície da água e mantida por 10 minutos. As amostragens foram realizadas quinzenalmente de novembro a fevereiro em dois ciclos reprodutivos (2015-2016 e 2016-2017) em seis diferentes trechos: reservatório, montante e transição das PCHs Palmeiras e Retiro. Os indivíduos amostrados foram identificadas morfologicamente até o menor nível taxonômico possível e geneticamente através da extração de DNA dos ovos e das larvas individualmente, utilizando o kit de coluna da marca Transgen, seguindo as orientações do fabricante. Posteriormente, fizemos o PCR utilizando o gene COI, ideal para a identificação de espécies de peixes, e sequenciamos o produto de PCR utilizando o kit BigDye Terminator v3.1 para a identificação das espécies amostradas no BOLDSystems. Foram identificados 18 táxons, pertencentes a 14 famílias e quatro ordens. Destes, pelo menos quatro táxons são migradores de longa distância. Os resultados indicam que 17,6% das espécies registradas no rio Sapucaí-Mirim (102) estão se reproduzindo, essas espécies apresentam diferentes características taxonômicas e ecológicas, indicando que o trecho estudado é um importante local de reprodução da ictiofauna, mesmo sob influência de três PCHs.