A região Neotropical é conhecida por sua rica biodiversidade de peixes, com mais de 6.000 espécies catalogadas. No entanto, a amostragem dessa diversidade em ambientes como os riachos enfrenta desafios devido as restrições temporais e espaciais no esforço amostral. O presente projeto teve como objetivo investigar como variações espaciais e temporais na cobertura amostral afetam a avaliação da composição de peixes em riachos, considerando como modelo o Ribeirão São João, bacia do rio Tocantins. Entre julho de 2021 e maio de 2022, foram conduzidas quatro coletas em seis pontos que resultaram na captura de 3.446 peixes de 32 espécies. As amostragens foram feitas com redes de arrasto e as análises utilizaram o índice de Jaccard para comparar a similaridade na composição de espécies entre conjuntos de amostras e o pool de espécies da bacia. Para avaliar o efeito do esforço amostral, combinações das amostras foram sorteadas aleatoriamente, com 5 combinações para cada nível de esforço: única, duplas, trios, quartetos e quintetos. A similaridade na composição com o pool de espécies cresceu com o esforço amostral, partindo de cerca de 0,5 com poucas amostras e aproximando-se de 1,0 com quatro amostras. Para as análises espaciais, foram considerados os trechos jusante, meio, montante e suas combinações. A análise mostrou similaridade moderada (~0,7) dos trechos individuais com o pool total, sem aumento substancial com as combinações. Para as análises temporais, foram considerados diferentes meses do ano, entre as estações seca e úmida e suas combinações. Outubro apresentou a maior similaridade com o pool (~0,8), ao passo que as combinações de duplas e trios de meses tiveram leve aumento na similaridade em comparação aos meses individuais. Os resultados demonstram a importância de aplicar um esforço amostral adequado, de modo que envolvam combinações de amostras, trechos e períodos, a fim de representar a diversidade total.