As consequências das mudanças climáticas e outros impactos antropogênicos na biodiversidade são cada vez mais prementes, e os ecossistemas de água doce são particularmente vulneráveis a esses impactos. A degradação do ambiente pode afetar a população de peixes de diversas formas, resultando, por exemplo, em anomalias durante o desenvolvimento. Este trabalho visa compreender como estressores antropogênicos em riachos podem levar a maiores índices de anomalias do esqueleto, investigando populações de Moenkhausia aurantia da bacia do Alto Rio Tocantins. Para tal, foram amostrados dois riachos da sub-bacia do Rio São Bartolomeu (Indaiá e Brejão), os quais apresentavam trechos do seu curso em regiões de Reserva Particular do Patrimônio Natural (RPPN) e trechos em locais com pressão de antropização dada por presença de pastagem. No total, 22 espécimes de Moenkhausia aurantia coletadas nesses trechos foram corados e diafanizados, e investigados para a presença de anomalias do esqueleto. Dezesseis espécimes apresentaram ao menos um tipo de anomalia, as quais foram contadas e descritas. Foram encontrados cinco tipos de anomalias leves (má-formação branda em pterigióforos, costelas, raios da nadadeira caudal, e espinhos neurais ou hemais), e dois tipos de anomalias moderadas (curvatura acentuada na coluna vertebral, hemivértebra). Um Modelo Linear Generalizado (GLM) foi conduzido para comparar o número de anomalias brandas encontradas para as diferentes populações, usando a qualidade do ambiente (preservado ou antropizado) e o riacho (Indaiá ou Brejão) como fatores. Os resultados do GLM indicaram como melhor modelo aquele no qual a interação entre qualidade do ambiente e riacho são levados em consideração, com o trecho antropizado do riacho Brejão apresentando a maior taxa de anomalias. Além da pressão antrópica por pastagem, a presença de uma barragem parcial no trecho preservado do riacho Brejão pode explicar o maior nível de anomalias encontradas, dificultando a troca gênica entre populações e aumentando a endogamia.