O conhecimento da ecologia do ictioplâncton é essencial para identificar áreas de desova e o desenvolvimento das fases juvenis dos peixes, além de fornecer informações valiosas sobre os períodos reprodutivos. Nesse sentido, a técnica do ictioplâncton vivo, recentemente descrita, introduz um novo método de processamento que facilita a identificação dos ovos de peixes, especialmente de espécies migradoras. Com este estudo, buscamos implementar e avaliar essa técnica para aprimorar a identificação das desovas de espécies migratórias e não migratórias e contribuir para o entendimento dos processos reprodutivos dessas populações. Para isso, foram realizadas 49 amostragens diárias entre os dias 04/10/2023 e 05/01/2024, em um trecho lótico do rio Uruguai, utilizando a técnica de ictioplâncton in vivo para coleta, incubação e posteriormente a identificação das larvas incubadas. Neste estudo, identificamos 19 espécies, 4 gêneros, 3 famílias e 2 ordens, sendo 9 espécies classificadas como migradoras de longa distância. Dessas, 5 pertencem à ordem Siluriformes e 4 à ordem Characiformes. Destaca-se que algumas dessas espécies estão classificadas como ameaçadas de extinção, como Salminus brasiliensis, classificada como Vulnerável (VU), Pseudoplatystoma corruscans, em situação de Perigo (EN), e Brycon orbignyanus, classificada como Criticamente Ameaçada (CR), segundo o Decreto n.º 51.797, de 8 de setembro de 2014, do Governo do Estado do Rio Grande do Sul. A taxa média de eclosão dos ovos incubados foi de 73,87%, com os meses de janeiro e dezembro registrando as maiores taxas. Quanto ao comportamento reprodutivo, observou-se que a desova dos Characiformes migradores ocorreu com maior frequência em outubro e novembro, enquanto os Siluriformes migradores apresentaram uma maior amplitude de desova, com pico de intensidade em dezembro. Concluímos que a metodologia de ictioplâncton in vivo utilizada para identificar ovos em ambientes naturais se revelou um método eficaz para determinar a desova de várias espécies, incluindo aquelas ameaçadas de extinção.